キャッシュ用のディレクトリーに作成されている
管理画面用のキャッシュ(?)ファイルを消してみては
いかがですか？
ファイル名は「 adminmenu.php 」ですかね。
このファイルが無ければ自動生成されます。

2.0.16aJPは使いたおしていると思っていましたが、全く起きていることが理解できません。
滑ることを覚悟で投稿致します。


１．全ての2.0.16aJPファイル群が１ビットも間違いなくアップロードされているでしょうか？

　Marijuanaさんの「 XOOPSをより安全に使う 」の、「アップロード」欄内で配布されている「チェックツール」を利用して、どのファイルも「OK」のMD5ハッシュチェックをパスするかを確認してみては如何でしょうか？


２．管理メニュー »» グループ管理 »» ユーザグループの編集を確認する。

　「システム管理者権限」欄の「ユーザ宛にメール送信」チェックボックスがOFFになっていないのでしょうか？
　当該画像は、当方のJUNKなブログにアップしておきました。

う〜む、残念ながら当方の浅い経験値では「元の管理画面デザインのままで、かつメニューが表示されない」現象は理解できませんです。m(_~_)m

良かったですね。
どのOSにも、ftpソフトってありますけど、
そしてフリーの有名なftpソフトってありますけど、
当方は「 WinSCP :: Introduction 」を利用して、サーバー類とはSFTP通信しています。そして通信後は「ミラーリング機能」で比較しています。
転送はエラーが絶対に起こらないとは言い切れませんよね。特にサーバー側ではタイムアウト設定をしているでしょうし。

----- 以下の機能をXOOPS配布者がサポートしていただければ、トラブルを事前に防げると思います -----

※ XOOPSに限りませんが、ダウンロードするファイルのMD5などのチェックサムレポートは必須だと思います。配布者側しか出来ないことですしね。

※ そしてXOOPS利用ユーザーがダウンロードして解凍し、それぞれのサイトにアップロードした直後に、全てのファイルセットに漏れが無いのか、１ビットも間違いが無いのかを、インストール直前に完全に検査できるGUIをXOOPSインストーラーに完備していただきたいものです。

----- 以上の機能をXOOPS配布者がサポートしていただければ、トラブルを事前に防げると思います -----

PS: 当方も偉そうなことは言えないですね。Ujiki.oO印の多言語UTF-8＋マルチメディア対応BBコードなXOOPS2インストーラーをZenCartモジュールで配布していますが、ZenCartをハッキングして、ダウンロード製品の場合はMD5ハッシュチェック値をダウンロードアクションボタン付近に自動的にレポートさせたいですね(2007/12/18対応済み)。もちろん全ファイ群のMD5チェックはインストーラーに標準機能させています。バージョンアップ毎にご用意しなければならないので面倒なんですけどね。(^^)

PS: MS-WindowsユーザーでMD5ハッシュチェックを簡単に行うためには「 HashTab Shell Extension 」を推奨します。 知りたいファイルを右クリック »» プロパティー »» ハッシュ値 するだけです。全てのファイルをいつでも簡単にMD5/SHA1/CRC32を確認できますよ。