自己レスですが

なんとか調べてやってましいまた。

kernel/privmessage.phpの142行目からこのように追加しました
/inc/boxtoemail.tpl というファイルにメールのテンプレートをおいて
使いました。
一応、テストしてうまくいきました。
リアルタイムでの送信だけですが。
なにか無駄なところや、問題があれば指摘してください。

$xoopsConfig['sitename']などが取得できていませんが
どうすれば、この時に取得できますか?

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if (!$result = $this->db->query($sql)) {
return false;
}else{
//このelseからHack ユーザーにメールで知らせる
//送信先id $to_userid　からメールアドレスを取得

$member_handler =& xoops_gethandler('member');
$to_user =& $member_handler->getUser($to_userid);
if (is_object($to_user)) {
$ts =& MyTextSanitizer::getInstance();
$to_user_uname=$to_user->getVar('uname');
$to_user_name=$to_user->getVar('name');
$to_user_email=$to_user->getVar('email');
}


//送信者id $from_userid　からユーザー名とネックネームを取得

$member_handler =& xoops_gethandler('member');
$from_user =& $member_handler->getUser($from_userid);
if (is_object($from_user)) {
$ts =& MyTextSanitizer::getInstance();
$from_user_name=$from_user->getVar('name');
$from_user_uname=$from_user->getVar('uname');
}

//メッセージ内容は$msg_text,タイトルは$subject

//メール作成
$myts =& MyTextSanitizer::getInstance();
$xoopsMailer =& getMailer();
$xoopsMailer->setTemplateDir(XOOPS_ROOT_PATH.'/inc/');

$xoopsMailer->useMail();
$xoopsMailer->setTemplate('boxtoemail.tpl');
$xoopsMailer->assign('SITENAME', $xoopsConfig['sitename']);
$xoopsMailer->assign('ADMINMAIL', $xoopsConfig['adminmail']);
$xoopsMailer->assign('SITEURL', XOOPS_URL."/");
$xoopsMailer->assign('TO_USER_NAME', $to_user_name);
$xoopsMailer->assign('FROM_USER_NAME', $from_user_name);
$xoopsMailer->assign('FROM_USER_UNAME', $from_user_uname);
$xoopsMailer->assign('MSG_TEXT', $msg_text);
$xoopsMailer->assign('SUBJECT', $subject);

$xoopsMailer->setToUsers($to_user_uname);
$xoopsMailer->setToEmails($to_user_email);
$xoopsMailer->setFromEmail($xoopsConfig['adminmail']);
$xoopsMailer->setFromName($xoopsConfig['sitename']);
$xoopsMailer->setSubject("あなたの受信箱にメッセージがありました");

if ( !$xoopsMailer->send() ) {
} else {
}