既出でしたら済みません。
Xoops２．０６から２．０７、さらに２．０１０jpへアップグレードする際に、mainfile.phpを上書きしてしまいました。

バックアップは取ってませんでした。
作り直しをするにもどのような手順を取ればよいでしょうか？
最初からインストールではじめると、すでにテーブルは有ります。と出てしまいますね。（まだやってませんが）

沢山のデータを活かしたいと思っていますのでどのようにするのが最適なのかをお教えください。

私も上書きして焦った事がありました。

installフォルダ以下を一旦ftpでアップロード。
ブラウザのアドレス欄に「Ｘｏｏｐｓのトップアドレス/install/」と書いてインストールページに行きます。(mainfile.phpが上書きだから「Ｘｏｏｐｓのトップアドレス/」でも自動的に移動すると思います。)
必要な情報を書き込み次へ次へと進みます。
mainfile.phpを書き込んだ旨のメッセージが出るまで進んだ所で、インストール作業は、中断して下さい。
ブラウザのアドレス欄に「Ｘｏｏｐｓのトップアドレス/」と書いてトップページが表示されていれば良いですね。
もし、表示されないようなら、書き込んだ情報が正確か確認して下さい。
再びページが表示されるようになったら、ftpでinstallフォルダ以下を削除。mainfile.phpを書き込み禁止にして、完了です。

以前の書き込みと同じものを書きますが、忘れてしまった場合は、この手順の前に、情報を思い出す、情報の記述されたサーバ会社からの資料などを調べてくださいね。
この部分は、ここで聞いても抽象的な答えしか返って来ませんね。
情報その物が返って来たら、怖いですね。

有り難うございます。
すっきり治りました、眠れぬ夜を過ごしましたがこれで安心して進めることが出来ます。

2.0.10 JP のリリースでバージョンアップの際、同じことをしてしまいました
とても参考になります　これから試して見ます
アップグレードの際はFTPで同期をしないことですね
間違いなく上書きで！

もう解決したようですが、サイトのバックアップをとっていれば、
そこから mainfile.php を書き戻せば済みます。

バージョンアップした時に、モジュールがうまく動かない可能性
もありますから、是非バックアップはとっておきましょう。

woodruffさんは成功したようです。
私はばっさり最初からインストールしました。ですが全てを削除したはずなのにファイルが残っているようでした。
バックアップの大切さを改めて感じました。幸い私のサイトはインストールしたばかりでまだ形になっていなかったのでやり直しは苦になりませんでした。
皆さんありがとうございました